Em meados da década de 1950, a agricultura brasileira enfrentava grandes desafios, faltavam locais para armazenagem e principalmente incentivos para a produção.Um grupo de agricultores da região noroeste do Estado do RS passou a discutir meios de enfrentar essas dificuldades, após vários encontros, no dia 20 de julho de 1957, realizou-se,  na cidade de Ijuí, a assembléia histórica de fundação da então Cooperativa Tritícola Serrana Ltda.

O ato teve o apoio do Governo Estadual e Federal, interessado em que os produtores se organizassem na produção do trigo, cultura que vinha sofrendo com a instabilidade climática que derrubava a sua produtividade naqueles anos.

Assim nascia a então Cooperativa Tritícola Serrana LTDA, hoje denominada COTRIJUI - Cooperativa Agropecuária & Industrial.

Em dezembro de 1957 a COTRIJUI recebeu suas primeiras cargas de trigo, que foram depositadas no, recém construído, armazém da Cooperativa. Naquele ano ainda receberia 4.295 toneladas de trigo.

O quadro social da Cooperativa, que não ultrapassava 60 associados até o final de 1957, contava com 2.400 associados, menos de 10 anos depois, em 1964.

A expansão da COTRIJUI teve início em 1969, com a construção de um armazém graneleiro, projetado pela própria Cooperativa, na cidade de Santo Augusto. Em 1970 entrou em funcionamento a Unidade de Tenente Portela; em 1973, novas Unidades em Jóia, Coronel Bicaco e Chiapeta foram abertas pela COTRIJUI; em 1975 foi a vez de Ajuricaba e Augusto Pestana.

Em 1972, a COTRIJUI iniciou a construção de sua segunda sede própria, junto ao complexo industrial e de armazéns graneleiros. A mudança para o novo escritório foi feita no dia 03 de dezembro de 1975, e nesta estrutura funciona a sede da Cooperativa até os dias atuais.

O Terminal Graneleiro Portuário construído pela COTRIJUI na cidade de Rio Grande,  ficou pronto em 1972, considerado na época como o maior terminal portuário, foi o grande impulsionador das exportações gaúchas de grãos na década de 1970, responsável pelo escoamento de 80% dos grãos produzidos no RS. Atualmente pertence ao Grupo CCGL, a qual a COTRIJUI é associada.

Em 1977 a incorporação das Cooperativas Pedritense Agro-Pastoril de Dom Pedrito-RS, e Copermará de Maracajú-MS, alargam ainda mais as fronteiras da COTRIJUI e em 1979 foram criadas as Regionais Dom Pedrito e Mato Grosso do Sul, esta última desincorporada em 1993.

Em 1982 foram construídos os silos de arroz em Dom Pedrito. Em 1999, a Unidade de Dom Pedrito recebeu o Prêmio Qualidade RS.

Em 2003,  a COTRIJUI estendeu seus serviços na região da campanha, passando a atuar nas cidades de Manoel Viana e São Francisco de Assis. Em 2004 ambas são incorporadas, passando São Francisco de Assis a constituir a mais recente Unidade da COTRIJUI em 2007.

Em 2006, a Unidade Dom Pedrito recebeu a Certificação ISO 9001:2000, no escopo -Armazenagem, Beneficiamento e Comercialização de Arroz-.
A COTRIJUI é, atualmente, a única cooperativa de beneficiamento de arroz a obter tal certificação no Brasil.

A Cooperativa  atende as demandas de mais de 16.000 associados, em  35 municípios do Rio Grande do Sul e proporciona mais de 1.700 empregos diretos.

A COTRIJUI diversificou suas atividades, ampliando suas ações através da agro-industrialização, em especial na indústria de cereais, frigorífico, fábrica de rações e moinho, todas voltadas à agregação de valor no produto primário, buscando assim o melhor atendimento aos associados.

Administrada por um colégio de Conselheiros que representa todas as Unidades, integram a Diretoria Executiva da COTRIJUI para o período 2005/2009, os associados: Carlos Domingos Poletto, Diretor-Presidente; Luiz Ottonelli, Diretor-Vice-Presidente; Osmildo Pedro Bieleski, Diretor-Secretário.
A Unidade de Dom Pedrito, tem José Manoel Luz Garrido como Gerente.

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