Desde 2006, a COTRIJUI- Unidade Dom Pedrito possui a Certificação ISO 9001:2000, no escopo Armazenagem, Beneficiamento e Comercialização de Arroz.
O Sistema de Gestão da Qualidade, conforme ISO 9001:2000, contribuiu para:

- Estabelecer melhorias no gerenciamento da unidade através da medida da eficiência e eficácia dos processos;
- Implementação das boas práticas de fabricação Portaria 368 de 04/09/97 - MAPA (Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento);
- Melhorias nos critérios de análise do arroz;
- Excelência no atendimento ao cliente;
- Potencial aumento da competitividade do produto da Cooperativa;
- Possibilidade de receber, com sucesso, avaliações externas de clientes;
- Aprimoramento intelectual de toda a unidade.

A COTRIJUI é, atualmente, a única cooperativa de beneficiamento de arroz a obter tal certificação no Brasil.